Разногласия возникли между участниками пула потенциальных инвесторов в "Яндекс", которые не согласны с перспективой обмена акций головной компании Yandex N.V., находящихся на Западе, на акции "нового российского «Яндекса»". Это может привести к размытию долей некоторых потенциальных инвесторов в новом холдинге "Яндекса". Против этого выступают в руководстве администрации президента. Однако, в западных депозитариях Euroclear и Clearstream хранится существенная часть акций Yandex N.V., принадлежащих российским инвесторам, которые могут не одобрить реорганизацию холдинга на невыгодных условиях. Аналитики предупреждают, что это может привести к негативным последствиям для компании.